Gedenkstätte Deutscher Widerstand
- Biografien

Müller gehört der Bayerischen Volkspartei an und gilt vor 1933 als enger Vertrauter des letzten bayerischen Ministerpräsidenten Heinrich Held. Nach Hitlers Regierungsübernahme berät er den Erzbischof von München, Michael Kardinal von Faulhaber, und gewinnt auch das Vertrauen von Papst Pius XII., der am 2. März 1939 als Nachfolger von Pius XI., zum Oberhaupt der katholischen Kirche gewählt wird. Im September 1939 bitten die Verschwörer um Hans Oster und Hans von Dohnanyi ihren Mitarbeiter Josef Müller, über den Vatikan Kontakt zur britischen Regierung herzustellen und auf diese Weise zu versuchen, den Krieg zu beenden. Müller wird als Mitarbeiter der Abwehr nach Rom geschickt und kann durch Vermittlung von Stellen des Vatikans Verbindungen zur britischen und zur amerikanischen Regierung knüpfen. Josef Müller gelingt es, Anfang 1940 durch Vermittlung von Pater Robert Leiber die Haltung der britischen Regierung zu erkunden und seine Auftraggeber im Amt Ausland/Abwehr des Oberkommandos der Wehrmacht zu informieren. Die Verschwörer stellen diese Nachrichten aus dem Vatikan für hohe Offiziere zusammen und versuchen auf diese Weise, die Oberste Heeresleitung zu gewinnen. Am 5. April 1943 wird Müller festgenommen und vor dem Reichskriegsgericht angeklagt. Er übersteht umfangreiche Verhöre der Gestapo und wird unerwartet freigesprochen. Josef Müller bleibt jedoch in Haft in den KZs Buchenwald, Flossenbürg und Dachau. Im Mai 1945 gehört er zu einer Gruppe von 139 Sippen- und Sonderhäftlingen, die in Tirol von US-Truppen befreit werden. Nach seiner Befreiung gehört er zu den Mitbegründern der CSU und wird der erste Landesvorsitzende dieser Partei.